接着美国陆军部，在菲律宾设立军官区，不过就在各国准备看远东该如何应对的时候，远东和俄国，在朝鲜汉城签订多项双方海军秘密协定。

远东的强硬和沙俄的联盟，让各国感到了强烈的不满意，接着他们就加大了对清政府的施压，5月20日列强驻京使团，召开特别会议，随后强烈要求清政府镇压义和团运动，21日英、美、法、德各驻华公使再次照会清政府，敦促严厉镇压义和团及惩办镇压不力的官吏。

而清政府则是立即下令严禁义和团，先后派出多批军队参与镇压，数千义和团在石亭设伏击毙杨福同，被称为涞水大捷，这次戕官事件使清廷大为震惊，随后直隶中部芦保铁路沿线，约3万义和团占据了涿州城，知州龚荫培无计可施，便绝食坐以待毙，这是义和团占据和控制的第一个州城，在此之后，清政府又派出聂士成等参与镇压，与义和团多次交战，但此时直隶地区的义和团运动已呈现出诛不胜诛的局面。

义和团的迅猛发展，使各国列强大为恐慌，他们纷纷要求清政府采取措施消灭义和团，在外国势力的压力下，实际掌握政局的慈禧太后，多次发布严禁义和团的上谕，并组织军队进行围剿，但由于多种原因，一时难以扑灭义和团，在北京西什库教堂，当时是外国天主教的总堂，主教樊国梁的建议下，各国列强遂计划于5月28日派出使馆卫队进入北京。

不过立即遭到了清政府拒绝，最后在5月31日被迫于同意，但提出“以二三十人为率”，结果列强先后派出400多人进京，大大超出了清政府的限制，后来列强又派遣西摩尔带领2000人前往北京，这些行为对清政府形成了严重威胁。

列强向北京强行进军和义和团抵御外国军队，使清廷对义和团的态度开始出现转变，面对列强咄咄逼人的态势，清廷内部主和与主战，主剿与主抚的分歧更加严重，清政府于6月5日派赵舒翘和何乃莹，去涿州“劝散”义和团，不过逐渐清政府开始承认义和团为合法组织，这种态度直接导致6月初义和团大量进入北京。

在初期，义和团与北京的外国人关系紧张，但并未发生大规模流血事件。

对此，清政府一面继续发布镇压义和团的命令以消除列强派兵的理由，一面又调集军队进入北京以防不测，对外国人抱有敌意的董福祥所率领的武卫后军（甘军）即在6月9日被调入北京驻守，6月11日，日本书记官杉山彬前去迎接入京的西摩尔联军，在永定门外被甘军所杀，事后，大臣荣禄亲赴日本使馆道歉。

6月12日，北京东华门外教堂起火，不少教民牵而北去，这是义和团入京第一次有关事件，随后北京的局势迅速恶化；6月14日，克林德带领水手一排行于内城之上，发现有义和团练习，即毫不迟疑发令开枪，当场打死二十余人；15日，义和团围攻北京西什库大教堂，6月17日，八国联军突然出兵攻占大沽炮台，当天远东宣布进入一级战略态势，驻防朝鲜的5个陆军野战军和东北野战集团军，在鸭绿江边境整装待命。

远东所有海军舰队船只，全部进入了指定控制海域，陆军人不离强，海军炮不离膛，一场前所未有的紧张态势一触即发，也就在这个时候，发生了庚子事变，慈禧太后下令杀死包括各国公使在内的所有外国人，21日清廷向各国列强宣战。